Bäckadalsgymnasiet har en central strategisk ledningsnivå och en operativ ledningsnivå.
Den operativa ledningsnivån är indelad i fem rektorsområden och leds av fem rektorer som är direkt underställda gymnasiechefen. Rektorerna har ett helhetsansvar för rektorsområdets arbete och utveckling. Rektor leder det pedagogiska arbetet och har ansvar för elever, personal, ekonomi, arbetsmiljö och marknadsföring inom sitt rektorsområde.
Det operativa pedagogiska arbetet utförs av lärarna i rektorsområdet. Lärarna är organiserade i programarbetslag och ämneslag där mentor har ett helhetsansvar för en grupp elever. På varje rektorsområde finns dessutom en administrativ resurs, kurator, skolsköterska, studie- och yrkesvägledare samt vaktmästare.